Theo Ban quản lý di tích chùa Mậu Xương, sự hình thành và ra đời của ngôi chùa này rất đặc biệt, liên quan đến sự giáng sinh của Phật tổ và liệt thánh Nội Đạo ở vùng biển Quảng Xương: Năm Mậu Dần 1578, ông Trần Ngọc Thích, chưa có con nối dõi mà tuổi đã cao, nên đến chùa Tuyết Phong cầu tự. Đến năm 1583, bà Hiệu Từ Ái (vợ ông) sinh hạ một nam nhi, dáng mạo khác thường, mặt như trăng rằm, thông sáng hơn người, đặt tên là Trần Ngọc Lành vốn là vua nước Tây Vực đầu thai mà thành. Lớn lên, Trần Ngọc Lành tinh thông võ lược văn thao, đổi tên là Trần Ngọc Trân. Vì cha bị bệnh nên ông không làm quan mà vào chùa Tuyết Phong cầu nguyện. Ở đây ông gặp một vị Tôn Sư giúp đỡ. Sau đó linh ứng, cha ông khỏi bệnh.
Được vị Tôn Sư khai thông phật pháp, Trần Ngọc Trân ở lại chùa chiêm bái cúng phật, phổ độ chúng sinh, giúp đỡ dân lành, nên được Nhân dân khắp vùng mến mộ tôn kính. Sau khi ông mất (ngày 28 tháng Giêng năm Quý Mùi – 1643) phật tử bốn phương và Nhân dân trong vùng quanh năm hương khói.
Ở thời Lê chùa được xây dựng theo hình chữ tam, có ba cung thờ phụng. Cung thứ nhất thờ Thượng Không Phật Bảo và Nội Đạo; cung thứ hai thờ Tam Bảo Ngoại và Quan Âm Bồ Tát; cung thứ ba thờ Phật Thích Ca và hộ pháp.
Là chùa thờ phật giáo gắn liền với sự giáng sinh của phật tổ và liệt thánh Nội Đạo nên chùa không có sư. Phật tử trông coi chùa không mặc áo cà sa và không cạo trọc đầu, nhà chùa vẫn cúng muối, gạo và thịt sống. Đây là nét đẹp riêng của chùa Mậu Xương. Lễ phật hàng năm có rất nhiều ngày và quan trọng nhất là hội làng ngày 14 – 15 tháng Giêng và lễ húy kỵ Phật tổ ngày 28 tháng Giêng. Các ngày lễ được tổ chức rất trọng thể và hành lễ theo kinh sách lưu lại của Nội Đạo. Trong lễ hội có các trò chơi dân gian như: đánh vật, chèo thuyền, hát bội, hát nhà chòi,…
Bên cạnh giá trị tâm linh thì chùa Mậu Xương còn có giá trị lịch sử to lớn, có bề dày gần 600 năm, được Nhân dân địa phương và khách thập phương đóng góp trùng tu, tôn tạo nhiều lần. Chùa được xếp hạng Di tích lịch sử văn hóa cấp tỉnh ngày 25-1-1998. Từ năm 2017 đến nay, chùa tiếp tục được đầu tư, tôn tạo từ khuôn viên cảnh quan, cho tới các hạng mục theo quy hoạch tổng thể được cấp có thẩm quyền phê duyệt, bảo đảm giữ nguyên yếu tố gốc.
Những năm trước, khi chưa có dịch COVID-19, vào mỗi dịp xuân về, Nhân dân và bà con phật tử khắp nơi về chùa hành lễ đông vui như trẩy hội. Bà con không chỉ về lễ phật để cầu an, cầu phúc, giải hạn cho bản thân và các thành viên trong gia đình mà còn vãn cảnh chùa tìm kiến những giây phút thư thái, thanh tịnh, trút bỏ mọi ưu phiền, lo toan trong cuộc sống đời thường. Chùa Mậu Xương thực sự là nơi hội tụ tâm linh, tín ngưỡng đặc sắc của quê hương Quảng Lưu (Quảng Xương ) nói riêng và vùng biển xứ Thanh nói chung.
