Chùa nguyên là am Phổ Phúc do Thiền sư Hải Nhận hiệu Lương Tri dựng để tĩnh tu vào năm 1845. Được sự trợ duyên của Thượng thư Nguyễn Đình Hòe, vào năm 1847, thảo am trở thành chùa Phổ Phúc do Thiền sư Hải Mẫn hiệu Quang Đức trú trì; cụ Nguyễn Đình Hòe, pháp danh Trừng Phước làm Hội chủ. Trong thời gian này, chùa đã cung chú tượng đức Phật Thích Ca ngồi kiết già trên tòa sen, thủ ấn Cam lồ. Tượng cao 1,10m, tòa sen cao 0,75m. Tượng được tạo tác bằng nan tre, sơn son thếp vàng, là pho tượng Phật cổ và quý của Phật giáo cố đô Huế.
Đến năm 1910, khi ngài Hải Mẫn viên tịch, thể theo lời thỉnh mời chùa Phổ Phúc, Sơn môn Tăng già cử ngài Giác Hạnh, là đệ tử của ngài Tâm Tịnh (chùa Tây Thiên) về làm trú trì. Năm 1916, ngài Giác Hạnh đã tổ chức đại trùng tu chùa và đổi tên thành chùa Vạn Phước Di Đà. Nhân dịp này, triều đình nhà Nguyễn đã phê duyệt tấu chương của Thượng thư Nguyễn Đình Hòe, cho cung thỉnh bộ tượng Phật Tam Thế của chùa Giác Hoàng đang cất giữ tại chùa Diệu Đế về phụng thờ tại chùa Vạn Phước.
Năm 1932, Hội An Nam Phật học ra đời, đặt trụ sở tại chùa Từ Đàm. Năm 1933, Trường Sơ đẳng Phật học đầu tiên của Hội được mở tại chùa Vạn Phước do Thiền sư Thích Mật Khế làm Hiệu trưởng.
Vào ngày mồng 07 tháng 12 năm Đinh Sửu (1937), thể theo tấu chương của Thượng thư Phạm Quỳnh, triều đình nhà Nguyễn đã ban sắc phong cho chùa: “Sắc tứ Vạn Phước Tự” và sắc phong ngài Giác Hạnh làm Tăng Cang.
Chùa được đại trùng tu vào năm 1940 với kiểu chùa truyền thống Huế. Sau đó, ngài Giác Hạnh giao chức vụ trú trì cho ngài Tâm Hảo. Ngài Tâm Hảo viên tịch vào năm 1953.
Năm 1954, chùa được trùng tu và lấy biển hiệu là “Sắc tứ Vạn Phước Di Đà Tự”. Năm 1966, ngài Giác Hạnh cử ngài Tâm Hướng kế vị trú trì và Đại đức Tâm Thọ làm tri sự.
Năm 1967, ngài Giác Hạnh cử ngài Tâm Hướng vào Sài Gòn để nhận chùa Tuệ Quang (năm 1970 đổi tên chùa Vạn Phước) ở đường Sư Tuệ Tĩnh, quận 11 do ông bà Nguyễn Hữu Đức phụng cúng làm nơi lưu trú cho học tăng từ Huế và học tại Viện Đại học Vạn Hạnh.
Năm 1981, ngài Giác Hạnh đã an nhiên thị tịch tại Tổ đình Vạn Phước, Huế, trụ thế 102 năm, 74 hạ lạp.
Năm 1993, ngài Tâm Hướng đã cử pháp đệ là Thượng tọa Thích Tâm Thọ trú trì Tổ đình Vạn Phước, Huế; trưởng pháp tử là Thượng tọa Thích Phước Trí làm trú trì chùa Vạn Phước, quận 11, thành phố Hồ Chí Minh.
Năm 1997, ngài Tâm Hướng đã an nhiên thị tịch tại chùa Vạn Phước, thành phố Hồ Chí Minh, trụ thế 74 năm, 48 hạ lạp.
Tiếp tục sự nghiệp của chư Tổ, Hòa thượng Thích Tâm Thọ lo tiếp Tăng độ chúng, trùng hưng và xây dựng ngôi Tổ đình trang nghiêm, an tịnh: Năm 1993, xây dựng Quan Âm các; năm 1994, xây dựng và trùng tu nhà Đông; năm 1995, xây dựng nhà Hậu để làm Tàng Kinh các; năm 2005, tái thiết ngôi Chánh điện và xây dựng nhà Hậu Tổ; năm 2008, xây dựng lầu chuông v.v…
Điện Phật Tổ đình Vạn Phước được bài trí tôn nghiêm, chính giữa tôn trí bộ tượng Tam Thế Phật bằng đồng; tượng đức Phật Thích Ca bằng nan tre (thế kỷ 19); tượng đức Phật A Di Đà phóng quang bằng đồng. Tượng đức Phật A Di Đà cao 3m, ngang 0,84m, đặt trên bệ và tòa sen cao 1,35m do Phật tử Võ Văn Cang, pháp danh Nguyên Lưu cúng dường năm 1945; lễ cung chú và rót đồng đúc tôn tượng vào ngày 30.8.1945. Pho tượng đã được Tổ chức Kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục ngày 05.5.2008 là “Pho tượng đức Phật A Di Đà bằng đồng trong chánh điện cao nhất Việt Nam”.
