Theo truyền thuyết trước kia làng Yên Ngưu có hai Miếu là: Miếu Mục Đồng thờ đức Tổ Nam Dương (Thủy Tổ Thành Hoàng làng Yên Ngưu) và Miếu Diệu Linh thờ Hương Từ Thanh Vân Thần Nữ hay còn gọi là Tổ Mẫu Ngâu. Đức Lệ Thiện Hoàng Hậu đã xây dựng lên miếu Diệu Linh và đặt tên là Hưng Quốc tự thờ Phật và thờ đức Tổ Mẫu Ngâu.
Đến đời vua Lê Dực Tông (Hậu Lê) chùa chịu biến cố nên hoang phế và đổ nát.
Đến đời vua Lê Hiển Tông niên hiệu Cảnh Hưng (1750) chùa được 2 vị Chúa Trịnh xây dựng trùng tu lại hoàn toàn và đổi tên là Quốc Lão Hưng Long Tự, tiếp tục xây dựng Đế Đô Hưng Quốc Phủ – Phụng Thiên Hành Thế.
Do biến cố thăng trầm của thiên nhiên và lịch sử trải qua 2 cuộc đấu tranh chống thực dân Pháp – Đế quốc Mĩ, chùa trở kho vũ khí đạn dược và nuôi dấu cán bộ cách mạng. Phải hứng chịu nhiều bom đạn của chiến tranh nên chùa hầu như đổ nát hoàn toàn.
Năm 1995, chùa được Bộ Văn Hóa xếp hạng là di tích lịch sử cấp quốc gia. Trải qua gần trăm năm không có Sư trụ trì. Đến năm 2000 Thành hội Phật giáo Tp.Hà Nội đã bổ nhiêm Đại đức Thích Đức Hạnh về trụ trì chùa.
Từ đó đến nay chùa được đại trùng tu tôn tạo lại hoàn toàn nhưng vẫn mang những nét rêu phong cổ kính và tôn nghiêm thời xưa. Trong đó gồm các công trình hạng mục như ngôi Tam Bảo, Nhà Thờ Tổ, Phủ Đế Đô Hưng Quốc, cổng Tam Quan và tạc tượng đúc tượng đúc chuông.
Hàng tháng có hai ngày sóc vọng đó là ngày rằm và mùng 1 nhân dân trong vùng – phật tử thập phương vẫn về lễ hành hương và tu tập nghe giảng pháp học giáo lý của Phật, nhằm thực hiện nếp sống văn minh đời sống an lạc.
Bên cạnh các hoạt động phật sự, hàng năm nhà chùa còn thường xuyên tham gia các hoạt động từ thiện an sinh xã hội.
Tạp chí Nghiên cứu Phật học số 1 năm 2015
