Nơi đây, trước là tư dinh của công tử Trịnh Thập (thế danh của thiền sư Như Trừng Lân Giác (1696-1733)) hiệu là Thượng sĩ Cao Thiền hay Cứu Sinh (con của Phổ Quang Vương Trịnh Bính) sinh ngày mùng 5 tháng 5 năm Bính Tý, niên hiệu Chính Hòa thứ 17 (1696) đời vua Lê Hy Tông tại Thanh Hóa, khi sinh trên trán Ngài có ấn hình chữ nhật.
Sinh thời, ông luôn hướng về Phật pháp. Một lần sai gia nhân đào khu đồi phía sau tư dinh (nay là vườn tháp sau chùa) để làm hồ nuôi cá vàng, thấy có một bông sen vàng, Ngài cho là điềm xuất gia, bèn cải gia vi tự (biến nhà thành chùa) và đặt tên là chùa Liên Hoa, rồi ăn chay quyết chi tham thiền học Phật.
Năm 1762, sau khi thụ giáo với Hòa thượng Chân Nguyên Chính Giác ở chùa Long Động trên núi Yên Tử. Thiền sư Như Trừng Lân Giác (tức công tử Trịnh Thập) nối tiếp ngọn đền Pháp của bản sư, phối hợp với phái thiền Trúc Lâm Yên Tử và phái thiền Lâm Tế ở Hà Bắc (Trung Quốc) lập ra phái thiền Liên Tông. Phái này phát triển rộng khắp Bắc Hà (Đàng Ngoài).
Sau khi thiền sư Như Trừng Lân Giác viên tịch, đệ tử là thiền sư Bảo Sơn Đổ Đa (1674-1744) du học ở chùa Khánh Vân, Quảng Châu, Trung Quốc trở về nước (1736) thỉnh về 300 bộ Kinh hơn 1000 quyển. Ngài cùng đệ tử đã khắc bản gỗ in lại nhiều bộ Kinh mới thỉnh về để phổ biến trong nước đồng thời sự mở đầu hoằng dương Luật với việc thuyết giảng và in bộ Luật “Tứ Phận Luật” nhờ đó tạng Luật mới bắt đầu phổ biến rộng ở Bắc Hà. Hiện nay tại chùa còn lưu trữ nhiều bộ Kinh quan trọng khắc trên gỗ từ thời đó.
Đến thời vua Thiệu Trị (1841-1847) vì kỵ húy Vua (tên vua là Miên Tông) nên phái thiền Liên Tông phải đổi thành phái thiền Liên Phái và chùa Liên Tông cũng được đổi thành chùa Liên Phái từ đấy.
Kế tục sự nghiệp của các vị Tổ sư tiền bối, nhiều vị đã nối tiếp trụ trì chùa Liên Phái làm theo di chúc của Tổ Lân Giác “các con nên ghi nhớ lời di chúc của Thầy – khắc lên bia đá hoặc ghi chép vào Phả lục truyền lại cho đời sau. Nếu sau này có Vua Thánh Chúa Hiền ở triều đại khác bình định bốn biển, thì xin mở lòng nhân đức, rộng lượng từ bi lưu cho khu đất và ao sáu mẫu hai sào ở chùa Liên Tông này làm cơ sở chủ yếu sùng hưng Phật pháp và đặt tháp am trôn cất di hài để có thể nối truyền chính pháp sang tỏ đèn thiền hương hỏa lâu dài lưu truyền mãi mãi…”
Từ mùa thu năm Ất Mão (1855) đến năm Kỷ Tỵ (1869) thiền sư Thanh Minh, hiệu Lạc Sơn đã chủ trì việc trùng tu “xây thêm gác chuông, phía trước có tháp Cửu Phẩm, có nhà Bia, phía sau có đồi vườn Tháp xây tường bốn bên, trước sau cõi Phật trang nghiêm rực rỡ.
Sau một thời gian khoảng 30 năm chùa bị dân lấn chiếm hiên chùa, nhà Bia, tháp Diệu Quang, và xung quanh chùa. Tới tháng Giêng năm 1997 được sự quan tâm của UBND Tp.Hà Nội và quận Hai Bà Trưng đã di một số hộ dân ra khỏi hiên chùa, nhà Bia, tháp Diệu Quang trả lại một phần cảnh quan khu vực trước cửa chùa như hiện nay (theo quyết định số 1076/QĐ-UB ngày 23/3/1996 của UBND Tp.Hà Nội).
Sau gần ba thế kỷ trôi qua, với nhiều lý do khác nhau, cùng với thời gian, cảnh quan chùa Liên Phái còn lại như ngày nay.
Đây là một di tích lịch sử văn hóa thuộc thế kỷ XVIII của Phật giáo tương đối quý hiếm và đã được Nhà nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa xếp hạng trong đợt đầu tiên số 313/QĐ-BT ngày 28/4/1962 của Bộ Văn hóa.
Lý Bình Nguyên
