Vào khoảng đầu thế kỷ XIX, sau khi cáo quan, tri huyện Bùi Công Đạt phát tâm nguyện xây cất một thảo am để tu dưỡng tinh thần. Sau khi ông mất, Hòa thượng Huệ Đăng ở chùa Giác Lâm (Gia Định) đã về đây trụ trì và vận động tín đồ xây dựng thành ngôi đại tự với tên Vĩnh Trường, hoàn thành năm Canh Tuất (1849). Về sau không biết từ khi nào người ta gọi chệch thành Vĩnh Tràng.
Tháng 4 năm 1861, khi người Pháp đánh chiếm Định Tường (tên gọi xưa của tỉnh Tiền Giang), chùa bị hư hỏng nặng. Qua nhiều lần sửa chữa, đến năm 1907, Hòa thượng Chánh Hậu đã cho trùng tu toàn bộ và ngôi chùa có diện mạo như ngày hôm nay.
Điều đầu tiên hấp dẫn du khách khi đến viếng thăm chùa là vẻ đẹp tráng lệ của hai cổng tam quan do những nghệ nhân xứ Huế thực hiện vào năm 1933. Khác với những ngôi chùa truyền thống, hai cổng này được xây dựng theo lối cổ lầu. Nét độc đáo của hai cổng tam quan thể hiện ở nghệ thuật ghép mảnh sành, mảnh sứ tạo nên những bức tranh lung linh nhiều màu sắc về chủ đề sự tích nhà Phật và chuyện dân gian…
