Đến giữa thế kỷ thứ XVI (năm Giáp Dần, đời Lê Trang Tông 1554) chùa được dựng lại theo quy mô như hiện nay. Năm Canh Tý đời Lê Thần Tông (1660) chúa Tây Vương Trịnh Tạc đã qua đây thấy cảnh chùa trang nghiêm, đẹp đẽ nên cho sửa sang lại và làm thêm Tam quan (nay Tam quan đã bị đổ nát).
Tiếp đến đời Nguyễn Quang Toản (1793-1802) chùa lại được tu sửa đúc thêm chuông và gọi là “Tây Phương cổ tự”.
Trong thời kỳ địch tạm chiến (1949-1954) giặc Pháp cho quân lên đóng biến chùa thành bốt giặc. Chúng còn băn đại bác vào chùa làm hỏng nhiều chỗ. Hòa bình lập lại, thi hành chính sách bảo tồn các di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh năm 1964 Ty Văn hóa đã tiến hành sửa chữa lại.
Chùa có gần 70 pho tượng lớn nhỏ phần nhiều tạc bằng gỗ mít ngoài phủ sơn son thiếp vàng, nghệ thuật điêu khắc tinh xảo mang tính chất hiện thực và bình dân
Với những giá trị về kiến trúc, lịch sử, tôn giáo, năm 1962, chùa Tây Phương đã được Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch công nhận là Di tích lịch sử – Văn hóa quốc gia, đến năm 2014 được xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt. Năm 2015, Bộ tượng Phật giáo chùa Tây Phương thời Tây Sơn, niên đại cuối thế kỷ 18 đã được Thủ tướng Chính Phủ công nhận là Bảo vật Quốc gia.
Sáng nay (23/4), UBND huyện Thạch Thất, Tp.Hà Nội tổ chức Lễ đón nhận bằng xếp hạng di tích Quốc gia đặc biệt, quyết định công nhận bảo vật quốc gia tượng phật chùa Tây Phương.
Cùng chiêm ngưỡng vẻ đẹp các pho tượng chùa Tây Phương:
An Hoàng
