Theo sử liệu, chùa Tôn Thạnh ban đầu có tên là chùa Lan Nhã, do Thiền sư Viên Ngộ xây dựng vào năm Gia Long thứ 7 (1808). Năm Thiệu Trị thứ 5 (1845), Thiền sư Viên Ngộ thấy mình đã xuất gia 40 năm mà chưa đắc đạo nên tịch thủy 49 ngày rồi viên tịch. Tưởng nhớ đến một thiền sư suốt đời hy sinh thân mình đem lại điều lành cho chúng sinh, người dân quanh vùng còn gọi chùa Tôn Thạnh là chùa Tăng Ngộ hay chùa Ông Ngộ, Lão Ngộ.