Chùa Cầu Đông còn có tên là chùa Đông Môn, xưa thuộc tổng Hậu Túc, huyện Thọ Xương. Tương truyền, chùa được dựng vào đời nhà Lý (1010-1225) và trải qua nhiều lần trùng tu. Ngày xưa, ở đây có “Cầu Đông” – chiếc cầu đá bắc qua sông Tô Lịch và “Cửa Đông” – cửa tường thành phía Đông của Hoàng thành Thăng Long nên người xưa đặt tên cho chùa là Cầu Đông để dễ dàng phân biệt với các ngôi chùa khác.
Hiện chùa còn lưu giữ được nhiều tấm bia cổ, trong đó, bia dựng năm Vĩnh Tộ thứ 6 (1624) có ghi lại nhiều việc chính như mua thêm đất, mở rộng khuôn viên và mở mang chùa.
